时间线彻底崩溃，过去与未来相互吞噬，科尔必须在历史被彻底抹去前找到真正的“十二猴子军”。
在成功阻止原始病毒爆发后，科尔以为世界得救，却发现时间线并未修复，反而分裂出更多悖论支流。十二猴子军只是一个幌子，真正的幕后黑手是来自时间尽头的“无形回声”。第二季中，科尔和女医生琼被迫跳进不断叠加的时间循环，每一集都是一段被篡改的“错误历史”。他们发现，拯救人类唯一的办法不是改变过去，而是让时间“死亡”一次，重启一切。
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